（一）办公室。负责局机关日常工作；负责起草重要报告及综合性文件，负责有关重要会议的组织、综合调研工作；负责值班、文电、机要、档案、保密、督办、政务信息、政务公开等工作；组织协调信访维稳、网络舆情处置、宣传、修史编志、建议提案办理工作；归口管理局机关后勤、安全及保卫、接待工作；负责全县交通运输行业精神文明建设；负责局机关并指导局属单位意识形态工作；负责联系指导交通运输系统信息化工作；负责全县交通运输系统的绩效评估考核工作。
（二）政工人事股。负责局机关干部人事、劳动工资、机构编制管理等工作；按规定承办局属单位的人事、劳动工资、机构编制、职工养老和医疗保险等工作；协助有关部门做好交通行业技术工种的职业技能鉴定、定级考核等工作；协助有关部门做好运输行业人员职业资格评价工作；负责局机关及局属单位出国（境）人员的政审及呈报工作；负责管理和指导全县交通运输行业的教育培训工作；负责综合交通运输体制改革有关工作，指导公路、水路行业有关体制改革；归口管理行业内侨务和外事、统战工作；负责局机关离退休人员和交通系统改制企业离休干部管理、服务工作，指导局属单位的离退休人员管理、服务工作。
（三）法制股。负责组织开展交通运输行业政策研究；负责综合交通运输体制改革有关工作，指导公路、水路行业有关体制改革工作；承担局重大行政决策和规范性文件的合法性审查工作；负责交通运输行政执法监督工作；指导全县公路路政管理、路产路权保护及超限超载运输治理工作；承担交通运输行政执法资格管理工作；承办局行政复议和行政应诉工作；归口管理局法律顾问工作；负责局机关并指导局属单位的扫黑、反恐、禁毒等综治维稳工作。
（四）计划基建股。负责组织拟订全县综合交通运输发展战略、政策和规划；牵头拟订全县公路、水路发展战略、政策和规划；参与拟订全县物流业发展规划；负责和指导综合交通运输枢纽规划；负责提出全县交通运输年度固定资产投资规模和计划、国省补助资金和县财政性资金安排意见并监督实施。负责交通工程项目计划申报工作，按规定审批、审查、报批省规划内和年度计划内的公路、水路固定资产投资项目预可行性报告、工程可行性报告和初步设计；负责全县公路、水路基础设施建设的管理和监督工作，维护建设市场的公平竞争秩序；按规定对全县公路、水路重大基础设施建设项目招投标实施管理和监督；监督管理全县公路、水路基础设施建设项目的质量安全和定额、造价控制、竣工验收等有关工作。监督、检查全县公路养护工作执行情况；指导全县公路标志标线管理工作，并参与竣工验收；协调、配合应急处置牵头部门，开展全县公路应急保畅相关工作；协调高速公路涉及地方相关工作；负责交通行业扶贫工作；承担全县交通运输业综合统计工作。
（五）综合运输股。负责指导全县道路（水路）客货运输、站（场）经营、机动车维修经营、机动车驾驶员培训、管道运输、搬运装卸及道路（水路）运输市场的行业管理；负责与有关部门建立综合运输体系协调配合机制；负责重点时段交通运输组织协调工作；负责道路（水路）运输业户和道路（水路）运输外资、合资企业的资质审查；负责对道路（水路）运输企业的指导和监督；按规定承担道路（水路）物流行业有关管理工作；按规定组织协调道路（水路）重点物资运输和道路（水路）紧急客货运输工作，拟定道路（水路）运输应急预案；协调道路（水路）运输相关业务的价格；负责指导港口行政管理；按规定承担负责监督全县港口、码头等运输设施养护管理政策的实施；负责港口及外轮理货、引航等港口辅助业，港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理；制定全县公共汽车、城市出租汽车等城市客运行业发展规划；承担公共汽车、出租汽车的运营指导和对城市客运市场的监管；负责全县春运组织协调工作；配合承担全县水上交通运输计划统计有关工作；指导全县道路（水路)运输行业环境保护、节能减排和科技工作。
（六）安全监督股（应急办公室）。宣传贯彻交通运输行业安全生产的方针、政策、法律、法规和规章制度；组织拟订交通运输行业安全生产规章制度、应急预案并负责监督实施。负责指导、监督局属单位安全生产工作，承担全县抢险救灾运力的调配协调工作，组织协调全系统的应急处置相关工作；指导交通运输行业安全教育培训，组织有关单位安全监管人培训；组织、协调交通运输行业安全生产专项检查；依法组织或参与有关事故调查处理工作；汇总、编报交通运输行业安全统计报表。
（七）财务审计股。负责指导、监督全县交通运输行业的财务会计工作；组织制订行业财务规章制度和交通资金使用管理制度、办法并指导、监督执行；负责局机关和局属单位国有资产的监督管理和资产处置报批工作，指导交通投融资管理工作；监督全县公路、水路有关规费政策的实施；负责交通运输资金的申请、拨付和监管；牵头负责引资项目管理工作；负责局机关经费管理；负责局机关的政府采购工作；负责局机关和局属单位控购事项的审查报批；负责交通运输行业内部审计工作。
（八）行政审批服务股。负责本单位对企业和个人办理行政许可、行政确认、行政征收、行政给付、其他职权（核准、备案、年检）等行政审批和管理服务事项的受理、审核（审批）和送达；负责组织协调行政审批和管理服务事项的调研论证；负责有关行政审批和管理服务事项的政策咨询、政务公开工作；负责与本单位涉及行政审批和管理服务事项事中事后监管职能股室的沟通协调，并做到信息共享；负责行政审批和管理服务事项办理资料归档和信息统计工作；负责局机关并指导局属单位的优化经济发展环境和无证无照经营治理工作。